より長続きするブログ

続けていきたい気持ち。

3. 参考

Macでのマルチブートについては、以下のブログ等を参考にさせて頂きました。Mac素人な自分でもついていけました。

Newblerのインストールでは以下が参考になりました。

2. 失敗メモ

2.1 仮想化

最初はVirtualBoxで仮想化環境で、Linuxを入れようと思っていたが、それだとメモリをフルに使えないので取りやめ、デュアルブートにした。

2.2 CDブートの問題

UbuntuのCDを外付けCDドライブ(Mac miniなので)に入れてcを押しながら起動したり、Optionを押しながら起動してCDのアイコンを選んだりしても上手くブートしない。真っ黒な画面が表示されて終わり。OptionキーからのメニューではUSBもブートしない。rEFItのメニューからブートさせるしかなかった。PRAMクリアとPSUリセットも試したが変わらず。

2.3 Mac miniのOpen Firmwareが使えない

[Command]+[Option]+O+Fを押しながら起動しても、Open Firmwareが開かない。

2.4 Ubuntuでのインストール失敗

UbuntuをインストールからNewblerをインストールしようとすると、途中で失敗した(インストールフォルダには断片みたいなファイルができてしまった)。これは以下の原因が考えられる。

  • Ubuntuのインストール時、サードパーティ製のソフトのサポートのチェックを入れなかった。後からOpenJavaRuntimeを入れたが、他に何か関係するソフトが漏れたのかもしれない。
  • zlib.i386, libXi.i386, libXtst.i386, libXaw.i386というライブラリが足りないということで、これらを一つづつインストールしようとした("sudo apt-get libxi-dev" など)。この試みは失敗し、必要なライブラリが全てインストールされなかったが、あとから入れたものと競合したのかもしれない。

2.5 Newbler assemblerのバージョン依存

他のバージョンのNewblerとして、v2.6をダウンロードしインストールしようとしたが、これもすぐに2.5とは異なるエラーが出て失敗した。おそらくインストール不可能だと思われる。v2.5.3は未検討。v2.5のfix版だとしたらこちらを試すべきだったかもしれないが、今となってはやり直す気が起きない。v2.3以下は機能が足りないらしいのでまったく使わなかった。

2.6 他のLinuxディストーション

Ubuntuで失敗したのはDebian系OSのせいかもしれないと考え、CentOS6.0、Fedora16などのインストールを試みた。しかしCDドライブからのブートができないためにUSBブートしかないのは変わらなかったし、CentOSはUSBブートの方法があるかわからなかったため、FedoraはUSBからのブートしようとはするが、インストーラが立ち上がらないためそれぞれ中止になった。その後再びUbuntuをインストールし直してNewblerをインストールすることができた。

1. インストールメモ

1.1 UbuntuのLiveUSBを作成

特にディストーションの指定はなかったので、自分が一番使い慣れたUbuntuをインストールする。情報も多いしね。バージョンは11.10 Oneiric Ocelot。

まず、UbuntuのLiveUSBを作る。既にUbuntuが導入されたPCとインストールしたいバージョンのディスクイメージが必要らしい(たぶん)。Ubuntuでスタートアップ・ディスクの作成([アプリケーション一覧>カスタマイズ]にあるはず)を使い、画面の支持に従うだけ。

1.2 OS Xからの設定

アプリケーション>ユーティリティ>ディスクユーティリティからインストール用パーティションを作成(500GBのOS X領域から60GB程度を拝借した)。
さらにrEFItというブートローダをインストール。rEFItのサイトからダウンロードしたインストーラのファイル内から[efi]フォルダをMacintosh HDの最上位にコピーする。

1.3 Ubuntuをインストール

再起動するとrEFItが起動するはず。その中に[〜/refit.efi]というテキストのアイコンがあるはずなので、それを選択(この辺り経験則…)。するとLiveUSBがブートされる。メニューから"インストールして使う"という意味のやつを選ぶとインストール開始。基本的には画面の支持に従っていれば終わるはず。

インストール時の注意点と思われるのは、"サードパーティ・ソフトウェアをインストールする"にチェックを入れること(関係ないかも)と、ディスク領域の割り当てで"それ以外"を選び、先に作ったインストール用の領域にインストールすること(2〜4GBほどをスワップ領域にして、残りにext4で/を指定すればいいと思う)。あとブートローダは/を指定したパーティションにインストールする。

1.4 NewblerAssmeblerのインストール

再起動するとUbuntuが立ち上がるのでNewblerAssmeblerをインストールする。しかしそのままインストールしようとすると

One of the following libraries was not found : zlib.i386, libXi.i386, libXtst.i386, libXaw.i386

というエラーが出る。ライブラリが足りないということで、ターミナルから

sudo apt-get install ia32-libs

を実行してインストール。

Newbler本体はv2.5のインストールCDがあったのでそれを使って入れることにした(このバージョンより新しいと失敗するかも。詳細は下記)。
CD内のsetup.shをダブルクリックするとインストーラが立ち上がる。支持に従って次へとかOKとか押していくとインストールが終わるはず。デスクトップにショートカットが表示されるので、起動するとGUIなアプリケーションが立ち上がる。詳しい使い方などは管轄外なのでわからない。

1.5 起動時のデフォルトOSをOSXに戻す

最後にデフォルトではUbuntuが立ち上がるようになっているので、これをOS Xに戻す。Option押しで起動して、OS Xの入ったパーティションを選択して起動させる。システム環境設定>起動ディスクの変更からOS Xが入ったHDDを選んで再起動。OS XとUbuntuが同じHDDに入っていても、これで起動の優先順位が変わるらしい。内部で何が起こっているかは不明。

Mac miniにLinuxを入れてNewbler assmeblerを動かす

OS Xのみが入っているMac miniでLinuxでしか動かないNewbler assmeblerを入れて欲しいと同期に頼まれたので、Linux初心者かつMac素人だけど色々と試行錯誤することになった。僕の所属している研究室でLinuxを使っている人はいないので。

最終的にはアセンブラは動いたが、Mac miniでCDブートができないという問題が残った。しかしせっかくなので、動く状態になるまでの手順と失敗例を思い出せる限りメモしておこうと思う。誰かの参考になるかもしれないし(といってもNewblerは適当にやれば大体インストールできるらしいが)。

Accession No. のリストを作って実行するとfastaファイルを作ってくれるRubyスクリプト

欲しかったので作った。

メインになるサーバアクセスはbioRubyでやってもらって、取ってきたファイルを整形しているだけ。
作業自動化を色々やりたいのだけど、とりあえずその一歩。保存も兼ねて置いてみる。

require 'bio'

readfile = open("no.ini", "r")
while number = readfile.gets do
number.chomp!
txtfile = open("data/" << number << ".txt", "a+")
fasfile = open("data/" << number << ".fas", "a+")
serv = Bio::Fetch.new("http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch")
entry = serv.fetch("genbank", number)
txtfile.puts entry
txtfile.close

### txtfileから情報取得
txtfile = open("data/" << number << ".txt", "r")
while line = txtfile.gets do
if line.include?("ID ")
line.sub!("ID ", ">")
line.sub!(/;.*/, "")
fasfile.puts line

### その他大文字アルファベットから始まる行を削除
elsif /[A-Z][A-Z].*/ =~ line

### 最後の//を削除
elsif /.*\/\/.*/ =~ line
line.sub!(/.*\/\/.*/, "")
fasfile.puts line

### それ以外の行(atgc...)をアウトプット
else
line.sub!(/[0-9].*/, "")
line.strip!
fasfile.puts line

### if終わり
end

### 行抜き出しの繰り返し終わり
end
txtfile.close
fasfile.close

### 一つのアセッションナンバー終わり
end

readfile.close

Ubuntu 11.10を入れたメモ

今までもネットブックでUbuntuを使っていたが、メインPCのHD容量が増えて、ディアルブートにしてもいいかなと思ったので導入することにした。
研究に有用なソフトも使えそうなのが多いしね。周りに使ってる人がいないので、使えるようになるまでがキツそうだけど。

ついでに防備録として作業をインストール後の作業をリストアップしようと思う。既に忘れていることもあるのでそれは仕方ないとする。



インストール後やったことリスト(随時更新)

1. Firefoxに拡張・プラグイン導入。

  • FireGesture, LastPass, Make Link, ツリー型タブ, ContextMenuPlusをそれぞれ公式のアドオン検索から導入。
  • GitHubからTombooを導入。

2. 日本語環境の充実。
Ubuntuの日本語環境 | Ubuntu Japanese Team
この通りにやった。要再起動っぽい。

3. Mozc導入。

4. AdobeAIR導入。

  • Archived Adobe AIR runtime, SDK versions Linuxはサポートがなくなったらしく、最新版は使用できないらしい。とりあえず、まだ2.6で事足りそうなのでアーカイブページからインストール。
  • Gwibberは個人的に好みでないのでWinでも使っているTwitamaを入れる。しかし、日本語入力が重い感じ。検討の必要あり。

chmod +x ./

このコマンドでbin, airファイルは実行可にできるようだ。

5. wine導入。
Ubuntuソフトウェアセンターから普通に入れた。どうせ動作不安なのでベータ版を選択。
.foobar2000でTAKファイルの再生に成功。ただしプレイリストが文字化けまくる。Last.fmへの送信などは正常に行われている。自分の使用用途なら、聞くだけに限れば実用可。


ついでに、今後やることリスト。
1. Firefox関係

TumblrでWeblog

　WinMe 時代からフリーソフトでゴシャゴシャ組み合わせたりして環境を作るのが好きだった。最近はもっぱらクラウド系のウェブサービスをどう使うか色々試していて、それが大体は失敗して結局使いにくい！ ってなってたんだけど、ようやくしっくりくる形になってきた。

　僕がクラウド系のウェブサービスを使いたい理由は、1)どこからでもアクセスできる。2)データを消失する心配が少ない。3)後で見返しやすい(タグ等が充実)　というところにあって、自分のアンテナに引っかかったものはできるだけ全てメモしておきたかった。そういう要求を認識したのはむしろ環境が整って、どうして今いい感じに使えるんだろうと考えてからなんだけど。

　それで色々試している中で、Tumblr というものを知った。何やら面白いサービスらしいということで早速アカウントを取ると、なるほど面白い。2chのコピペとか、画像とか、上澄み部分を掬いとったような印象を受けた。これはブログとTwitterの間の子的なTumblrの性質によるのだろう。Twitter自体がブログとチャットの間の子とか言われていたのでブログとチャットのクォーター？
　TumblerにはTwitterでいうところのリツイートに当たる、リブログという機能があり、それによって評価を得た情報はTumblr上に拡散される。しかも、リツイートと違い(同様だっけ?)、同じ情報を別の人がリブログすれば2回タイムラインに流れることになるので、見逃しにくい。評価の高い情報は全体の中で非常に濃度が濃くなる。

　Tumblr では適当にフォローを増やしながらリブログしているだけで面白いんだけど、やっぱり自分でもポストしたいと思えてくる。投稿といってもこういう日記的な内容ではなく、むしろ他のブログや、ニュースを引用するのだ。(もちろん日記的な使い方をしている人もいるだろうけど少数派っぽい)
　そこで役立つのがTombloo。これを使わずにTumblrをするのはとてももったいない。GoogleChrome にもほぼ同様の機能をもったアドオンが存在するが、Chrome側の制限なのか、右クリックから操作できないので今ひとつだった。これのために僕はChromeからFirefoxに乗り換えた。
　引用したい文章をドラッグ→右クリック→メニューからどういう形で投稿したいか選ぶ(Photo, Link, Quoteなど)。それだけで自分の気に入った記事をスクラップできる。さらに、同時に他のサービスに投稿することも可能。僕はQuoteの場合はバックアップ的にEvernote、ついでに垢はあるけど放置しているfriendfeedにも投稿されるようにしている。Linkははてブとかを選べる。

　というわけで、ちょっと気になる記事を見つけたらTumblrに送るということを続けていて思ったのが、論文もWeb上の記事として見れるってこと。僕の場合は論文は細かいところを暗記するのは諦めていて、せめて重要だと思った部分くらいは覚えていたいのだけど、それも頻繁に忘れていしまう。でも、Tombloo を使えば気になったところをすぐ丸ごと保存しておけるし、ついでに内容に関するメモとタグでもつけておけば(引用部とは別に用意されている)後で見返すのにも有用なのではないかと思った。

　というわけでそれを実践中。余裕があれば引用部をちゃんと日本語訳、面倒なら簡単な解説とか考えたことをメモ。パラパラと見返すだけでエッセンスを復習できるようになりそう。
　問題があるとすれば、僕にもフォロワーさんが数人にいて(その中の一人は実際会ったこともあって)、その人達にとっては論文の引用なんて何の価値もないだろうということ。まぁ、そんなの気にする必要はないだろう。フォロー数を増やせば数の知れている僕の投稿は薄まるし、どうしても嫌ならフォローから外せばいいはず。