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より長続きするブログ

続けていきたい気持ち。

SPLITSをインストールしてみる

SPLITSというtRNAをどうにかするperlスクリプトを、例によってUbuntu11.10にインストールしてみたのでメモ。

SPLITSを使うには先に3つのプログラムをインストールしないといけないらしい。
tRNAscan-SE, Split-tRNA-Search, Vienna RNAの3つ。というわけでそれぞれダウンロードして展開しておく。

tRNAscan-SEはver1.3だと動かないようなので、1.23を"Eddy Lab: Software"からダウンロードする。*1
Split-tRNA-Searchは1.2, Viennaは2.0.3, SPLITSは1.1。これらは現時点の最新版だと思う。

tRNAscan-SEのインストール

普通にmakeしようとするとエラーが出る。

sqio.c:238:1: エラー: ‘getline’ と型が競合しています

検索用に英語にすると"error: conflicting types for ‘getline’" 。
調べたところ、stdio.hに追加された関数が競合してうんたらかんたらしてるらしい。
なので、該当箇所をコメントアウトする。

sudo gedit /usr/include/stdio.h

とでもしてstdio.hをテキストエディタで開いて、getlineで検索する。見つかった部分を/* */で囲って書き換える。

/*extern _IO_ssize_t getline (char **__restrict __lineptr,
size_t *__restrict __n,
FILE *__restrict __stream) __wur;*/

そしたらmake, make installできるはず。
デフォルトの設定だとHomeディレクトリの中にbin, libとか作られて、あまり好みじゃなかったので*2Makefileを弄って/usr/local/にそれぞれインストールするようにした。"$(HOME)"→"/usr/local"で3箇所とも置換

Split-tRNA-Searchのインストール

ダウンロードして解凍すると、stsというファイルと、vfpという実行ファイルがある。これを/usr/local/binなど、パスの通ったところにコピーすれば動くみたい。
他のファイルは「vfpがそのままだと動かなかったとき、コンパイルしてね」とか書いてあった。今回は使わず。

Vienna-RNAのインストール

普通にmake, make installでインストールできた。色々インストールされて、どれが本体なのかよくわからないが、SPILITSを使うのには問題ないでしょう。

SPLITSのインストール

同梱のINSTALLに記述されている方法に従うだけ。
ただし、make installでインストールされるのはlib, blib内のファイルだけのようだ。
計算させるときは、splitsとdataを同じディレクトリ内に置くのが必須。

./splits -i <計算させたいファイルパス>

などとすれば計算できる。
結果のファイルを得たい時は"-o <ファイル名>"とか"-s<ファイル名>"とする。詳しくは--helpオプション参照で。
3/1追記: 魔法の言葉は "-c -p 0.55 -F -3 -h 3" "-c -p 0.6 -F -1."。

雑感

今回は案外すんなり終わったかな。
Newblerの件でもわからないと言われたけど、今回はざっくり書いたのでますますわからないと思う。

参考

ソフトウェアの配布サイト
SPLITS -Spliced tRNA search-(SPLITS)
tRNAscan-SE Search Server(tRNAscan-SE-1.3)
Eddy/Rivas Lab: Home(tRNAscan-SE-1.23)
Split-tRNA-Search(Split-tRNA-Search )
Vienna RNA Secondary Structure Package(Vienna RNA)

tRNAscan-SEのコンパイルエラーで参考になったサイト
コンピュータぢごくな日々
Fedora11に日本語TeX環境をインストール | DJ_SATORUの研究日誌

*1:こっちも更新されたら困るね。

*2:何でHomeディレクトリ以下に作るのが標準なんだろう。メリットがよくわからない。