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より長続きするブログ

続けていきたい気持ち。

WineでBioeditを動かしてみる

Ubuntu環境でのアライメントエディターが決まらない。
Windowsでは現在Bioeditをメインに使用していて、決して使いやすいソフトではないと思うんだけど、基本的な操作はできるのでこれを使っている。

しかし、BioeditはWindows専用なので、Ubuntuでは別のソフトを試してみた。Windows使えばいいじゃんという話ですが、それは置いておいて。

Seaviewはソフトウェアセンターにもあって導入が簡単だった。独特のUIだけどシンプルで、配列を眺めたりするのには良いと思う。ただ、Undoが付いてないので編集しづらいのが難点。

もう一つ試したのがJalviewで、これは今のところ使いこなせる気がしないのと、phy形式に対応していないかもしれない(普通に開いただけじゃ配列全体を表示してくれなかった)ので保留中。

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調べてみるとBioeditはWineで動くらしいので試してみることにした。結局Bioeditでは物足りない機能があって、ラボのMacでCodenCode Alignerを使わざるを得ないという話は置いておいて。

BioEdit biological sequence alignment editor on Linux with Wine | Wine Reviews チュートリアル
WineHQ - BioEdit 7.0.9 手順だけなら箇条書きになったこっちの方がわかりやすいかも

たぶんこの通りにできれば動くのだろうが、"MDAC 2.5 SP3"がダウンロードできなくなっているようなので、MDAC 2.8を使ってみた。

"Winetrick > Select the default wineprefix > Install a Windows DLL or component" からインストール。

後は参考サイトの通りにやったはずなのだが、インストールしてもsetup.exeのあるディレクトリにファイルが展開される(しかもディレクトリ構造が変だった)だけで、上手くインストールできなかった。起動しようとするとエラーメッセージが出るし、3番目のメッセージではいを選ぶとフリーズするわ、いいえを選ぶと起動するものの配列を表示させても色が付かないわで使い物にならない。

再インストールしようとすると、Wineから既にインストールされてますという風なメッセージが表示された。ならばとWindowsからまるごとBioeditフォルダをWineにコピーして起動させてみることにした。今回はインストーラで"C:\Bioedit"を指定していたので".wine/drive_c"にコピー。するとエラーが表示されずに起動できた。

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力技を使ってしまったが、とりあえずこれで満足できるかな。Wineだから、やっぱり動作に違和感がある部分があるけれど。

最後にWine設定からWindowsのエミュレートのバージョンを普段使っている"7"に戻そうと思ったんだけど、"7"のままになっていた。インストールに失敗したのはコレのせいかもしれない。でもWin7環境でも普通にBioeditはインストールできるわけだし…うーん……?