Ubuntuではsudo-ext.elは動作しない?
Emacsでルート権限で作業をしたい場合、sudoで開きなおすのが面倒なので楽な方法を探していた。そして見つけたのがこれ。
Emacsの中でsudoする方法 〜これでrootによる操作も楽々〜 - (rubikitch loves (Emacs Ruby CUI Books))
しかしsudo-ext.elを他のelファイルと同じフォルダに置き、init.elに
(server-start) ; sudoeditで使う
(require 'sudo-ext)
を書き足しても上手くいかない。M-x sudoeditを実行すると開きたいファイルを聞いてきて、[Enter]を押すとパスワードが入力できる。さらに[Enter]を押すのだが、何も起こらない。フリーズするでもなく、そのまま続けて使える状態。
なぜなのか簡単に調べたところ、"Ubuntuではデフォルトではsudoeditの利用が許可されたユーザーは存在しません。"とのこと。
引用: Ubuntu Weekly Topics:2010年3月5日号 “Light” テーマ・10.10のUDS・U1MSベータ・Plug Computerの新型・FCM#34・UWN#182・sudoのセキュリティアップデート|gihyo.jp … 技術評論社
ターミナルからsudoeditしてもエラーが出た。
Warning: unknown mime-type for "/etc/fstab" -- using "application/octet-stream"
Error: no "edit" mailcap rules found for type "application/octet-stream"
これのせいかなぁ。解決法を模索中。
3. 参考
Macでのマルチブートについては、以下のブログ等を参考にさせて頂きました。Mac素人な自分でもついていけました。
- Mac miniでWindows・Linuxとのトリプルブート環境を作る(1) : Verboseモードでいこう (マルチブートについて)
- Mac/Windows/Linuxのトリプルブートを可能にする方法(しかもBoot Camp不使用!) : ライフハッカー[日本版] (マルチブートについて)
- Macbook Air 11'' を Ubuntu 10.10 とデュアルブートにしたまとめ - Craftworks Tech Blog - Branch (マルチブートについて)
- MacBook ProによるMac入門 rEFIt(ブートマネージャ)のインストール (rEFItのインストール手順)
- Mac の PRAM および NVRAM をリセットする (PRAMクリアとPMUリセットの方法)
- オプションキーの起動で: Apple サポートコミュニティ (Open Firmwareの起動方法)
- Mac OS X 10.6 Help: 起動ディスクを変更する (デフォルトの起動パーティションを変更)
Newblerのインストールでは以下が参考になりました。
- Index of /Gene_Pool/454_software (NewblerAssmeblerの配布)
- Newbler installation - Ubuntu Forums (必要なライブラリの入手)
- Introduction to Newbler (NewblerのイントロPPTスライドファイル)
2. 失敗メモ
2.1 仮想化
最初はVirtualBoxで仮想化環境で、Linuxを入れようと思っていたが、それだとメモリをフルに使えないので取りやめ、デュアルブートにした。
2.2 CDブートの問題
UbuntuのCDを外付けCDドライブ(Mac miniなので)に入れてcを押しながら起動したり、Optionを押しながら起動してCDのアイコンを選んだりしても上手くブートしない。真っ黒な画面が表示されて終わり。OptionキーからのメニューではUSBもブートしない。rEFItのメニューからブートさせるしかなかった。PRAMクリアとPSUリセットも試したが変わらず。
2.3 Mac miniのOpen Firmwareが使えない
[Command]+[Option]+O+Fを押しながら起動しても、Open Firmwareが開かない。
2.4 Ubuntuでのインストール失敗
UbuntuをインストールからNewblerをインストールしようとすると、途中で失敗した(インストールフォルダには断片みたいなファイルができてしまった)。これは以下の原因が考えられる。
2.5 Newbler assemblerのバージョン依存
他のバージョンのNewblerとして、v2.6をダウンロードしインストールしようとしたが、これもすぐに2.5とは異なるエラーが出て失敗した。おそらくインストール不可能だと思われる。v2.5.3は未検討。v2.5のfix版だとしたらこちらを試すべきだったかもしれないが、今となってはやり直す気が起きない。v2.3以下は機能が足りないらしいのでまったく使わなかった。
1. インストールメモ
1.1 UbuntuのLiveUSBを作成
特にディストーションの指定はなかったので、自分が一番使い慣れたUbuntuをインストールする。情報も多いしね。バージョンは11.10 Oneiric Ocelot。
まず、UbuntuのLiveUSBを作る。既にUbuntuが導入されたPCとインストールしたいバージョンのディスクイメージが必要らしい(たぶん)。Ubuntuでスタートアップ・ディスクの作成([アプリケーション一覧>カスタマイズ]にあるはず)を使い、画面の支持に従うだけ。
1.2 OS Xからの設定
アプリケーション>ユーティリティ>ディスクユーティリティからインストール用パーティションを作成(500GBのOS X領域から60GB程度を拝借した)。
さらにrEFItというブートローダをインストール。rEFItのサイトからダウンロードしたインストーラのファイル内から[efi]フォルダをMacintosh HDの最上位にコピーする。
1.3 Ubuntuをインストール
再起動するとrEFItが起動するはず。その中に[〜/refit.efi]というテキストのアイコンがあるはずなので、それを選択(この辺り経験則…)。するとLiveUSBがブートされる。メニューから"インストールして使う"という意味のやつを選ぶとインストール開始。基本的には画面の支持に従っていれば終わるはず。
インストール時の注意点と思われるのは、"サードパーティ・ソフトウェアをインストールする"にチェックを入れること(関係ないかも)と、ディスク領域の割り当てで"それ以外"を選び、先に作ったインストール用の領域にインストールすること(2〜4GBほどをスワップ領域にして、残りにext4で/を指定すればいいと思う)。あとブートローダは/を指定したパーティションにインストールする。
1.4 NewblerAssmeblerのインストール
再起動するとUbuntuが立ち上がるのでNewblerAssmeblerをインストールする。しかしそのままインストールしようとすると
One of the following libraries was not found : zlib.i386, libXi.i386, libXtst.i386, libXaw.i386
というエラーが出る。ライブラリが足りないということで、ターミナルから
sudo apt-get install ia32-libs
を実行してインストール。
Newbler本体はv2.5のインストールCDがあったのでそれを使って入れることにした(このバージョンより新しいと失敗するかも。詳細は下記)。
CD内のsetup.shをダブルクリックするとインストーラが立ち上がる。支持に従って次へとかOKとか押していくとインストールが終わるはず。デスクトップにショートカットが表示されるので、起動するとGUIなアプリケーションが立ち上がる。詳しい使い方などは管轄外なのでわからない。
Accession No. のリストを作って実行するとfastaファイルを作ってくれるRubyスクリプト
欲しかったので作った。
メインになるサーバアクセスはbioRubyでやってもらって、取ってきたファイルを整形しているだけ。
作業自動化を色々やりたいのだけど、とりあえずその一歩。保存も兼ねて置いてみる。
require 'bio'
readfile = open("no.ini", "r")
while number = readfile.gets do
number.chomp!
txtfile = open("data/" << number << ".txt", "a+")
fasfile = open("data/" << number << ".fas", "a+")
serv = Bio::Fetch.new("http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch")
entry = serv.fetch("genbank", number)
txtfile.puts entry
txtfile.close### txtfileから情報取得
txtfile = open("data/" << number << ".txt", "r")
while line = txtfile.gets do
if line.include?("ID ")
line.sub!("ID ", ">")
line.sub!(/;.*/, "")
fasfile.puts line### その他大文字アルファベットから始まる行を削除
elsif /[A-Z][A-Z].*/ =~ line### 最後の//を削除
elsif /.*\/\/.*/ =~ line
line.sub!(/.*\/\/.*/, "")
fasfile.puts line### それ以外の行(atgc...)をアウトプット
else
line.sub!(/[0-9].*/, "")
line.strip!
fasfile.puts line### if終わり
end### 行抜き出しの繰り返し終わり
end
txtfile.close
fasfile.close### 一つのアセッションナンバー終わり
endreadfile.close
Ubuntu 11.10を入れたメモ
今までもネットブックでUbuntuを使っていたが、メインPCのHD容量が増えて、ディアルブートにしてもいいかなと思ったので導入することにした。
研究に有用なソフトも使えそうなのが多いしね。周りに使ってる人がいないので、使えるようになるまでがキツそうだけど。
ついでに防備録として作業をインストール後の作業をリストアップしようと思う。既に忘れていることもあるのでそれは仕方ないとする。
インストール後やったことリスト(随時更新)
1. Firefoxに拡張・プラグイン導入。
- FireGesture, LastPass, Make Link, ツリー型タブ, ContextMenuPlusをそれぞれ公式のアドオン検索から導入。
- GitHubからTombooを導入。
2. 日本語環境の充実。
Ubuntuの日本語環境 | Ubuntu Japanese Team
この通りにやった。要再起動っぽい。
3. Mozc導入。
- UbuntuにGoogle日本語入力(Mozc)をインストールする方法 - Elecnotes ここを参考にさせていただいた。Mozcの設定はibusの再起動後。
- Ubuntu日本語フォーラム / Google日本語入力 (Mozc) の導入 最初ソースから入れようとして、色々ダウンしたが、gclientがよくわからなくて、ネットブックの時はもっと簡単にインストールしなかったっけ? ということで前者の方法に至る。
4. AdobeAIR導入。
- Archived Adobe AIR runtime, SDK versions Linuxはサポートがなくなったらしく、最新版は使用できないらしい。とりあえず、まだ2.6で事足りそうなのでアーカイブページからインストール。
- Gwibberは個人的に好みでないのでWinでも使っているTwitamaを入れる。しかし、日本語入力が重い感じ。検討の必要あり。
chmod +x ./
このコマンドでbin, airファイルは実行可にできるようだ。
5. wine導入。
Ubuntuソフトウェアセンターから普通に入れた。どうせ動作不安なのでベータ版を選択。
.foobar2000でTAKファイルの再生に成功。ただしプレイリストが文字化けまくる。Last.fmへの送信などは正常に行われている。自分の使用用途なら、聞くだけに限れば実用可。
ついでに、今後やることリスト。
1. Firefox関係
- Tombooの拡張機能を入れる。
- Greasemonkeyを入れる。